Anton Günther, nato il 17 novembre 1783 a Lindenau, in Boemia, primogenito di un fabbro devoto cattolico, frequentò a Haide la scuola dei monaci Piaristi [un ordine fondato nel 1597 dallo spagnolo San Giuseppe Calasantio (1556-1648)] dal 1796 al 1800 e il ginnasio di Leitmeritz fino al 1803, anno in cui entrò all'università di Praga per studiare giurisprudenza e filosofia. Soprattutto in quest'ultima facoltà egli poté approfondire lo studio degli scritti di Immanuel Kant (1724-1804), Johann Gottlieb Fichte (1762-1814), Friedrich Heinrich Jacobi (1743-1819) e Friedrich Wilhelm Joseph Schelling (1775-1854), che influenzarono profondamente il suo futuro pensiero filosofico.
Dopo la laurea, G. divenne tutore in casa del principe Bretzenheim, che nel 1811 trasferì la propria residenza a Brunn, vicino a Vienna. Qui egli entrò nel circolo che si era raccolto intorno a Clemens Maria Hofbauer (1751-1820), un prete redentorista [l'ordine fondato da Sant'Alfonso Liguori (1696-1787)], canonizzato dopo la sua morte. Hofbauer lo convinse ad iscriversi a teologia, dapprima a Vienna, poi a Raab (in Ungheria), dove nel 1820 G. fu ordinato sacerdote. Dopo un breve periodo nel noviziato gesuita di Starawicz (in Galizia), dal 1824 G. si trasferì a Vienna come ecclesiastico privato.
Ad iniziare dal 1828, G. iniziò a pubblicare una serie di lavori filosofici, tra cui: Vorschule zur spekulativen Theologie des positiven Christentums (Introduzione alla teologia speculativa del cristianesimo positivo) in due parti (1828-29), Der letzte Symboliker (L'ultimo simbolico) del 1834, Thomas a Scrupulis. Zur Tranksfiguration der Persönlichkeits-Pantheismen neuester Zeit (Thomas a Scrupulis. Per la trasfigurazione del nuovo panteismo personalistico) (1835), Die Juste-Milieus in der deutschen Philosophie gegenwärtiger Zeit (Gli equilibri nella filosofia tedesca del tempo presente) (1838), Erystheus und Herakles. Metalogische Kritiken und Meditationen (Euristeo ed Eracle. Critiche e meditazioni metalogiche) (1843).
Il successo dei suoi scritti gli procurò offerte di cattedre alle università di Bonn, Breslavia e Tübingen (che comunque rifiutò) e attirò un gran numero di seguaci, denominati güntheriani, tra cui il sacerdote, ebreo convertito al cattolicesimo, Johann Emmanuel Veith (m. 1876), l'hermesiano Peter Joseph Elvenich (1796-1886) e i futuri vescovi vecchio-cattolici Josef Hubert Reinkens (1821-1896), rettore di Breslavia, e Theodor Weber (m. 1906), autore di Metaphysik (Metafisica), il più importante lavoro della scuola güntheriana.
Nel 1848, allo scoppio dei disordini rivoluzionari a Vienna, i güntheriani capeggiati da Veith organizzarono il clero - come Unione Cattolica - della capitale austriaca, cercando di applicare una riforma alla chiesa locale, ma la repressione portò alla soppressione dell'Unione. Oltre all'insuccesso politico dei suoi seguaci, giunsero per G. i guai con la gerarchia ecclesiastica: crebbero gli oppositori del suo pensiero ed i suoi scritti furono esaminati, dal 1852, da parte della Congregazione dell'Indice.
Questa pose all'Indice i lavori di G. l'otto gennaio 1857, nonostante l'appoggio di diversi prelati, come Friedrich Schwarzenberg (1809-1885), arcivescovo di Praga, Melchior von Diepenbrock (1799-1853), vescovo di Breslavia, e Wilhelm Arnoldi (1798-1864), vescovo di Treviri. La parola definitiva fu poi pronunciata da Papa Pio IX (1846-1878), il 15 giugno dello stesso anno, in un breve indirizzato all'arcivescovo di Colonia, Johann von Geissel (1796-1864), già accanito avversario dei seguaci di Georg Hermes. G. si rifiutò di ammettere i suoi errori dogmatici e si ritirò, amareggiato dalla sentenza, dalla scena pubblica: morì il 24 febbraio 1863 a Vienna.
Partendo dalla volontà di confutare il panteismo presente soprattutto nella filosofia del famoso pensatore Georg Wilhelm Friedrich Hegel (1770-1831), H. concepì un metodo, che, a suo dire, era meglio della teologia scolastica, che egli rifiutava: una teoria dualistica della conoscenza (contrapposta a fede), che ipotizzava il dualismo tra Dio e il mondo, e, nel mondo stesso (ed anche nell'uomo), il dualismo tra spirito (o anima) e natura.
Da questa dottrina, denominata güntherismo, discendeva la spiegazione dell'esistenza di Dio: lo spirito nell'uomo è soggetto attivo di un processo d'auto-consapevolezza, cioè prende coscienza di se come essere reale, poi, rendendosi conto della limitatezza della condizione umana, prende coscienza di Dio come l'Unico che domina l'universo.
Ma la rigida separazione tra natura e spirito portava anche alla concezione di G. sulla Trinità (considerata eretica dalla Chiesa): Dio sviluppa un'emanazione completa del proprio Essere (tesi ed antitesi: Padre e Figlio), e da questi deriva lo Spirito Santo (o sintesi, nella quale scompare l'opposizione di tesi e antitesi).
Per quanto concerneva infine il campo della rivelazione biblica, nel tentativo di trovare un accordo tra fede e ragione, G. elaborò la teoria che la conoscenza fosse fondamentale per dare una spiegazione razionale d'ogni mistero e che quindi i dogmi religiosi non fossero rivelazioni divine, ma il risultato della riflessione filosofica sui contenuti originari delle Sacre Scritture.