Niccolò Paruta, medico veneziano, era figlio dell'agiato patrizio Gian Giacomo e diventò anabattista, partecipando nel 1546 ai Collegia Vicentina, primo incontro di anabattisti e antitrinitariani veneti. In seguito, nel 1560 circa, egli abbandonò Venezia, a causa delle sue convinzioni riformatrici, per rifugiarsi con Andrea da Ponte (1508-1585, fratello del futuro doge Niccolò da Ponte), a Ginevra. Qui, turbato dalle polemiche tra Calvino e gli antitrinitariani italiani, scaturite dall'esecuzione di Miguel Serveto, decise di emigrare in Moravia, ad Austerlitz, nel 1561.
Nella città morava, P. fondò dei seminaria veritatis, cioè delle comunità di antitrinitariani italiani, rinforzate con l'arrivo di personaggi famosi come Giovanni Paolo Alciati della Motta, Giovanni Valentino Gentile e Bernardino Ochino, cacciati dalla Polonia in seguito all'editto di Parczòw del 1564, che aveva ordinato l'espulsione di tutti gli stranieri non cattolici. In particolare Ochino trascorse gli ultimi giorni della propria esistenza, come ospite in casa del P., nel febbraio 1565. P. inoltre conobbe e ospitò altri riformati, come Marcantonio Varotta (nel 1566) e Niccolò Buccella, con il quale egli mantenne rapporti duraturi d'amicizia.
Nel 1571-72 P. si trasferì a Cracovia, e nel 1573 in Transilvania, presso il Collegio unitariano di Kolozsvàr, dove ebbe contatti con Ferenc Dàvid, Giacomo Paleologo e Giorgio Biandrata, nella cui casa a Nagyenyed, P. morì, probabilmente nel 1581.
Anche in esilio P., una persona molto dotta, mantenne un buon grado d'agiatezza, potendosi procurare diversi volumi tali da formare una ricca biblioteca. Inoltre egli scrisse molte opere (la maggior parte andate perdute), tra cui un catechismo e i suoi due lavori principali, De uno vero Deo Iehova disputationes e le 11 Theses de trino et uno Deo, queste ultime stampate a cura di Symon Budny nel 1575.
Dal punto di vista dottrinale, P. si allineò ad un antitrinitarismo di tipo samosateno (da Paolo di Samosata, fondatore dell'adozionismo), quindi non-adorante della figura di Cristo ed in contrapposizione con la linea dei sociniani. Nella sua Theses, P. dimostrò come il dogma trinitario non fosse mai citato nelle Sacre Scritture e che Gesù fosse un uomo in carne e ossa della stirpe di Davide, un profeta, nato da Maria, che Dio aveva dichiarato Cristo e suo figlio unigenito.