Il filosofo e teologo tedesco Jakob Frohschammer, nato il 6 gennaio 1821 a Illkofen, vicino a Regensburg (in Baviera), da una famiglia cattolica, si formò dal 1841 presso la facoltà di teologia a Monaco. Il 30 aprile 1847 F. si laureò e fu quindi ordinato sacerdote, esercitando presso alcune diocesi della zona di Monaco di Baviera.
Poco dopo, egli ottenne il permesso dal vescovo di Regensburg di tornare a studiare a Monaco, applicandosi nella storia dei dogmi e nella filosofia della religione. Grazie ad un lavoro sulla differenza tra pensiero cattolico e quello pelagiano sul libero arbitrio, egli diventò docente (non di ruolo) di teologia, ma il suo successivo trattato Über den Ursprung der menschlichen Seelen (Sulle origini delle anime umane), del 1854, pose le basi per la sua controversa dottrina del generazionismo, differente sia dal pre-esistenzialismo (per cui le anime umane sono esistite prima della loro esistenza nel corpo) che dal creazionismo (Dio crea ogni anima dal nulla, congiungendola alle cellule dei genitori unite nell'atto generativo dei genitori), la dottrina dominante nella teologia cattolica dai tempi di San Tommaso d'Aquino (1225-1274).
Il generazionismo, adottato per un certo periodo anche da Sant'Agostino (353-430), affermava invece che l'anima non era creata separatamente, ma era procreata dall'anima dei genitori, assieme al corpo creato nell'atto generativo dei genitori. Viene confuso con il termine, concettualmente molto simile, di traducianismo, che è la dottrina che crede alla trasmissione dell'anima come parte del processo organico della generazione.
Nello stesso 1854, F. divenne professore straordinario di teologia e nel 1855 fu nominato professore di filosofia, tuttavia nel 1858 lo raggiunse la notizia che il suo trattato era stato messo all'Indice. La tensione con la Chiesa cattolica rimase comunque alta, anche perché F., nel 1858, aveva pubblicato l'Einleitung in die Philosophie und Grundriss der Metaphysik (Introduzione alla filosofia e definizione di metafisica), in cui aveva attaccato la dottrina di Tommaso d'Aquino. Inoltre, nel 1861, F. aprì un nuovo fronte di polemiche con la pubblicazione dell'Über die Freiheit der Wissenschaft (Sulla libertà della scienza), e la fondazione, nel 1862, del periodico filosofico Athenaeum: in ambedue egli affermò l'autonomia della scienza dall'autorità della Chiesa, e si lamentò dell'eccessiva dipendenza - da quest'ultima - della filosofia e della letteratura.
L'undici dicembre 1862, F. fu condannato da Papa Pio IX (1846-1878), con la breve pontificia Gravissimas inter, e agli studenti di teologia fu proibito di assistere alle sue conferenze, sebbene egli ricevesse la solidarietà sia dai suoi studenti che dal re di Baviera in persona. La condanna del papa fu seguita, l'anno successivo, dalla revoca del suo ufficio sacerdotale.
F. mantenne, anche in seguito, un atteggiamento critico nei confronti della Chiesa Cattolica e a favore dell'autonomia della scienza. Infatti, in occasione del Primo Concilio Vaticano (1869-1870), F. si pronunciò contro le decisioni finali, ed in particolare contro il dogma dell'infallibilità del Papa, mentre, nello stesso tempo, ospitò sulla sua rivista un esauriente riassunto delle teorie darwiniane.
Fu definitivamente scomunicato dalla Chiesa il 15 dicembre 1871, ma non aderì mai alla Chiesa vecchio-cattolica, con la quale aveva in comune la critica verso le risultanze del Concilio. Occupò il resto della sua vita, scrivendo trattati di filosofia e opponendosi alle idee materialiste di David Friedrich Strauss, alle quali propose l'immaginazione come forza creativa dell'Universo.
F. morì il 14 giugno 1893 a Bad Kreuth (in Baviera).