Anne Marbury nacque nel luglio 1591 (prima del giorno 20 quando fu battezzata) ad Alford, nella contea inglese del Lincolnshire ed era la figlia del reverendo Francis Marbury e di Bridget Dryden. H. crebbe in una famiglia che aveva già conosciuto l'intolleranza religiosa. Infatti il padre era stato messo in prigione per due volte per aver ripetutamente predicato contro l'incompetenza del clero anglicano.
Nel 1612 H. sposò a Londra il mercante William Hutchinson e nel 1634, con il marito, emigrò a Boston, nel Massachusetts, dove ben presto dovette fare i conti con i metodi decisamente poco democratici in uso nella colonia della Massachusetts Bay. Qui i pastori puritani obbligavano tutti a pregare e digiunare, mantenendo un rigoroso controllo disciplinare anche sulle riunioni religiose, ma H. iniziò ad organizzare autonomamente degli incontri settimanali per commentare i sermoni, ai quali parteciparono centinaia di donne di Boston, attirando anche uomini (pastori e magistrati).
H. predicava una forma di antinomianismo (o antinomismo), in particolare che si poteva raggiungere la salvezza basandosi su una esperienza interiore con lo Spirito Santo, e non osservando rigorosamente le leggi religiose delle istituzioni e i precetti dei predicatori, un pensiero che ricordava da vicino quello della setta, molto popolare in Inghilterra all'inizio del XVII secolo, dei familisti e dei grindletoniani (un gruppo verosimilmente collegato ai familisti stessi).
Ma il caso creato da H. investì la colonia puritana del Massachusetts anche per i risvolti di una lotta politica, che portava con sé: infatti si fronteggiavano due fazioni, da una parte, favorevoli a H., il governatore della colonia (solamente per un anno, il 1636) Sir Henry Vane, il predicatore John Wheelwright (cognato di H.) e il predicatore John Cotton, mentore spirituale della donna; dall'altra contrari erano il reverendo John Wilson e John Winthrop, che divenne il nuovo governatore della colonia nel 1637.
I puritani di Boston, che, nel 1635 per mezzo dell'allora governatore Haynes, già avevano trattato con durezza Roger Williams obbligandolo a fuggire nel Rhode Island, ancora una volta furono severissimi con chi attentava al loro predominio religioso nel Massachusetts, comportandosi così in maniera non molto dissimile dei loro stessi persecutori in Inghilterra, come il famigerato vescovo anglicano William Laud (1573-1645), la cui azione li aveva obbligati ad emigrare nelle colonie americane.
Nel novembre 1637 H. e Wheelwright furono così processati dalla Corte Generale come eretici. Wheelwright fu esiliato nel New Hampshire, mentre H. fu posta agli arresti domiciliari, con la speranza che abiurasse le sue idee religiose, fino al 15 marzo 1638, quando fu nuovamente processata: tra i suoi accusatori più accaniti ci fu proprio il suo mentore John Cotton. H. fu scomunicata e bandita da Boston, che lei abbandonò con il marito, i figli e 60 seguaci per sistemarsi in un'isola, oggigiorno parte di Rhode Island, denominata Aquidneck, da loro acquistata dagli indiani Narragansetts (quelli stessi che avevano accolto favorevolmente Roger Williams) e ivi fondarono la colonia di Pocasset, l'odierna Portsmouth.
Nel 1642 morì il marito William e H. si recò allora a vivere a Pelham Bay, nella colonia olandese di Nuova Amsterdam (la futura New York), ma nell'agosto 1643 essa fu massacrata con cinque dei suoi figli (eccetto una figlia) e tutta la servitù, durante una razzia compiuta dagli indiani Mohicani.
I puritani di Boston di allora videro questa tragica morte come un segno della punizione divina, tuttavia molti studiosi del XX secolo, tra cui la moglie del presidente degli USA Eleanor Roosvelt, rivalutarono la figura di H., considerandola come la prima donna americana che lottò per la tolleranza religiosa e contro la discriminazione verso le donne.