Il filologo, storico e teologo francese Louis Marie Olivier Duchesne nacque il 13 settembre 1843 nel villaggio di Saint-Servan, oggi Saint-Servan-sur-mer, parte del comune di Saint-Malo (in Bretagna). Egli era l’ultimo dei cinque figli del capitano, originario di Terranova (Canada), Jacques Duchesne (successivamente naufragato con la propria nave Euphémie, proprio al largo di Terranova, nel 1849) e della moglie Anne-Marie Gourlay. D. proveniva da una famiglia di corsari e marinai, la cui semplice pietà religiosa aveva avuto un certo peso sulla vocazione del giovane bretone. In particolare, un episodio lo colpì profondamente: un giorno, trovandosi al largo della punta di Cité d’Aleth in barca con il padre ed un vecchio marinaio, assistette ad un malore, apparentemente fatale, a quest’ultimo. Al che il padre fu obbligato di dargli l’estrema unzione, salvo poi che l’anziano marinaio si riprese una volta arrivato in porto.
Dopo un lungo periodo di riflessione se seguire la carriera scientifica (fu comunque un appassionato di archeologia ed organizzò diverse spedizioni sul Monte Athos, in Siria ed in Asia Minore) o la vocazione religiosa, scelse quest’ultima diventando prete nel 1867. In seguito insegnò in un collegio di Saint-Brieuc, prima di trasferirsi a Parigi per seguire corsi alla scuola dei carmelitani e all’Ècole Pratique des Hautes Ètudes (Scuola pratica di alti studi), dove si laureò in lettere.
Una volta laureato, D. accettò la cattedra (appena istituita) di storia ecclesiastica all’Institut Catholique di Parigi, e qui incontrò e divenne docente di Alfred Firmin Loisy, insieme al quale egli condivideva la speranza che lo studio scientifico potesse essere applicato anche alle discipline religiose.
D. fondò nel 1880 una rivista bibliografica, il Bulletin critique de littérature, d’histoire et de théologie (Bollettino critico di letteratura, storia e teologia) (di cui Loisy seguiva la parte di esegesi), dove il rigore scientifico metodologico mise in crisi l’attendibilità di molti lavori, ma sollevò anche un vespaio di critiche.
Nel 1883 D. fu sospeso per un anno e la commissione, convocata da Leone XIII (1878-1903), stabilì che non era permessa la critica scientifica della Bibbia. Nel frattempo, D. insegnò all’Ècole Pratique des Hautes Ètudes, prima di essere nominato nel 1895 direttore della scuola francese a Roma (di cui era stato membro dal 1873 al 1876)
Nel 1887 egli pubblicò il suo saggio Liber Pontificalis en Gaule au VI siécle (Il Libro dei Papi nella Gallia del VI secolo): il testo fu messo all’Indice, perché egli negò la tesi secondo la quale la cattedrale di Chartres era stata fondata dai discepoli di Gesù.
Come storico della Chiesa, D. pubblicò vari saggi, come Origines du culte chrétien (Origini del culto cristiano), Fastes épiscopaux de l’ancienne Gaule (Registrazioni vescovili dell’antica Gallia), Les premiers temps de l’Etat pontifical (I primi tempi dello stato pontificio), ma soprattutto l’Histoire ancienne de l’Eglise (Storia antica della Chiesa), che nel 1912, in piena bufera anti-modernista, Papa Pio X considerò negativamente giacché non evidenziava a sufficienza il carattere soprannaturale della Chiesa: un ulteriore scritto di D. finiva dunque all’Indice.
Molto meglio per D. fu il suo trattamento nel mondo profano e scientifico (che insorse con indignazione per la condanna della sua Storia antica della Chiesa): egli fu, infatti, investito di prestigiose onorificenze, dalla Legione d’Onore all’elezione come membro presso atenei all’estero (Berlino, Göttingen, Roma e Torino) fino a quello dell’Accademia di Francia, il 26 maggio 1910, quando D. subentrò nel posto lasciato vacante dal cardinale François-Désiré Mathieu (1839-1908).
D. morì il 21 aprile 1922 a Roma, e fu inumato nella sua città natale di Saint-Servan.