Enorme fu l'influenza di Origene sul pensiero di altri famosi scrittori cristiani dal III fino al VII secolo:
San Dionisio (o Dionigi) d'Alessandria, detto il Grande (ca.190-264), che rifiutò il sabellianesimo, utilizzando argomentazioni origeniste.
Teognosto (m. ca.282) e Pierio (m. ca.310), successori di O. come direttori (rispettivamente nei periodi 250-280 e 280-305) della scuola di catechismo e di teologia di Alessandria, il celebre Didaskaleion.
San Panfilo (c.240-309) ed Eusebio (c.260-c.340) (il famoso storico cristiano), ambedue di Cesarea, che scrissero insieme l'apologia di Origene.
Papa San Damaso I (c.304-384), che tradusse due omelie di O.in latino.
Didimo il Cieco (c.313-398), teologo e strenuo difensore delle idee di O. e per questo condannato dal Concilio di Calcedonia del 553.
Sant'Ilario, vescovo di Poitiérs (c.315-367), che studiò le opere di O. durante l'esilio in Frigia.
I tre Padri Cappadoci [San Basilio (c.330-379), San Gregorio di Nissa (c.330-395) e San Gregorio di Nazianzo (329-389)], strenui difensori del credo niceno.
Sant'Ambrogio (c.339-397), vescovo di Milano, che ammirava ed utilizzava largamente l'interpretazione allegorica della Bibbia, tipica di Origene.
San Girolamo (c.342-420), dapprima grande ammiratore di O., poi suo detrattore.
Tirranio Rufino di Aquileia, traduttore di molte opere di O. in latino, concittadino e amico di San Girolamo, fino alla polemica tra i due, proprio sulle dottrine origeniste.
Evagrio Pontico (346-399), grande ispiratore del monachesimo orientale e, attraverso il suo discepolo Giovanni Cassiano (c.360-435), di quello occidentale.
San Massimo di Crisopoli (c.580-662), detto il Confessore, massimo teologo del VII secolo.
I vari seguaci di O. (tra cui si tratta a parte Ierace) diedero vita ad un movimento noto come origenismo, che, però, non sempre fu portavoce del pensiero di Origene nell'accezione originaria e che portò a due profonde crisi con il Cristianesimo ortodosso:
Un primo movimento origenista, nato nel monastero di Nitra in Egitto e diffusosi in tutta la Palestina, si creò nella seconda metà del IV secolo, portando nel 394 a frequenti litigi tra i suoi seguaci, capeggiati da Giovanni, vescovo di Gerusalemme, e Sant'Epifanio, vescovo di Salamis (l'odierna Famagosta, in Cipro), convinto anti-origenista.
La polemica si arricchì, ben presto, di altri protagonisti, come San Girolamo e Tirranio Rufino di Aquileia, traduttore in latino di De principiis di Origene nel 397, ex amici fraterni che, come già detto, si divisero, il primo arroccato su posizioni ortodosse, il secondo strenuo difensore delle idee di Origene.
La situazione, già infuocata, precipitò con il clamoroso voltafaccia di Teofilo, patriarca d'Alessandria, dapprima convinto origenista ed improvvisamente, dal 400, nemico implacabile di chiunque professasse queste idee, ma soprattutto avversario di San Giovanni Crisostomo (ca. 345-407), Patriarca di Costantinopoli, oggeto dell'esagerata invidia di Teofilo.
Casomai ce ne fosse stato bisogno, la decisione di Crisostomo di ospitare Sant'Isidoro di Pelusio e gli altri origenisti in fuga da Alessandria aumentò l'acredine di Teofilo, che riuscì nel suo intento di far condannare dal sinodo di Ad Quercum (la Quercia, sobborgo di Costantinopoli) nel 403 ed esiliare il povero Crisostomo ad Antiochia e poi nel Ponto.
A quel punto, nuovo voltafaccia di Teofilo: egli, fatto sparire il suo concorrente, riaccettò le idee origeniste e, come se nulla fosse, si mise perfino a leggere i testi del teologo alessandrino.
Nel 514 nella regione di Gerusalemme nacque il secondo movimento origenista, infarcito d'idee panteiste, i cui capi erano Nonno, che tenne unito il movimento fino al 547, Teodoro Askidas, vescovo d'Ancira e Domiziano, vescovo di Cesarea in Cappadocia.
Dopo la morte di Nonno nel 547, il movimento si divise in due correnti,
In quel periodo l'imperatore Giustiniano scrisse il suo Liber adversus Origenem in cui condannò 24 punti dal De principiis, 10 dei quali furono anatematizzati da un sinodo nel 543, decisione riconfermata durante il II Concilio ecumenico di Costantinopoli del 553, il punto più basso di popolarità della teologia di Origene. Teodoro Askidas e Domiziano, a sorpresa, firmarono il documento, operando anche loro, come ai tempi Teofilo, un clamoroso voltafaccia, che permise loro di mantenere onori e potere.
Secondo alcuni storici contemporanei, però, la condanna dell'origenismo avvenne in sessioni fuori dei lavori ufficiali del Concilio, il cui scopo principale era la condanna dei Tre Capitoli, cioè dell'attività e degli scritti di Teodoro di Mopsuestia, di Teodoreto di Ciro e di Iba di Edessa.
A questo punto, c'è da domandarsi se la Chiesa Cattolica, dopo tanti secoli, debba ancora considerare come vincolante una condanna non pronunciata nei lavori ufficiali di un concilio.