Ann Lee nacque il 29 febbraio 1736 a Manchester, in Inghilterra, figlia del fabbro John Lee (o Lees). Di cultura quasi analfabeta, Ann fu avviata al lavoro da adolescente in una filanda. All'età di 22 anni, partecipò ai revival religiosi dei coniugi Jane e James Wardley (o Wardlaw), fondatori di un gruppo quacchero, denominato Shaking Quakers (quaccheri agitanti), le cui riunioni religiose presentavano frequenti casi di estasi caratterizzati da grande agitazione, tremori, urla, imitazione del verso degli animali, convulsioni, canti, danze improvvise e glossolalia (la capacità di parlare lingue sconosciute). Dei vari soprannomi, anche in senso dispregiativo, data a questa setta senz'altro quello che divenne più familiare fu Shakers, dal verbo inglese to shake, agitarsi. Meno fortuna ebbero le denominazioni alternative di Jumpers (saltatori) e Shiverers (tremolanti).
Il 5 gennaio 1762 L. sposò il fabbro Abraham Standerin (o Stanley), dal quale ebbe quattro figli, tutti morti in gioventù e la cui tragica fine influenzò le credenze religiose della sfortunata madre.
Tra il 1770 ed il 1773, L. fu arrestata per ben tre volte "per disturbo della quiete", per avere interrotto cioè il riposo della Domenica con una funzione religiosa caratterizzata da balli e urla, e per blasfemia. Il primo arresto avvenne nell'estate 1770: in prigione L. ebbe una visione, in cui capì che la Cacciata dell'Uomo dal giardino dell'Eden era derivata dal rapporto sessuale fra Adamo ed Eva. Ne trasse, quindi, la conclusione che la libidine sessuale ostacolava la diffusione del Regno di Cristo in terra (per la dottrina di L. vedi sotto la voce Shakers).
Uscita di galera, essa presentò le sue idee a James Wardley, che la accolse come "Madre in Cristo e Sposa dell'Agnello", da cui il soprannome di Mother Ann (Madre Ann). Poco dopo L. assunse la guida della setta, ma le ripetute persecuzioni la convinsero ad emigrare nel 1774 in Stati Uniti con nove suoi seguaci, di cui facevano parte il marito, il fratello William Lee (1740-1784), James Whittaker (1751-1787), la cugina Nancy Lee e quattro altri accoliti.
A New York, Abraham Standerin decise di divorziare dalla moglie e di risposarsi, mentre due anni dopo, nel settembre 1776, il gruppo si trasferì a Niskeyuna, una località disabitata, oggi la cittadina di Watervliet, vicino ad Albany nello stato di New York. Nonostante l'intensa attività di proselitismo, fu solo nel 1780, anche grazie ad un revival religioso battista, che i shakers poterono fondare la loro seconda colonia a New Lebanon (sempre nello stato di New York). Ma nello stesso anno, in piena guerra d'indipendenza americana, molti adepti furono arrestati - compresa la stessa L. - con l'accusa di aiutare gli inglesi. Del resto un'origine britannica e una spiccata propensione al pacifismo, quindi il non schierarsi apertamente a favore delle truppe del generale Washington, non li faceva certo apparire in buona luce agli occhi degli americani.
Dopo il loro rilascio gli shakers si impegnarono in una missione, dal 1781 al 1783, per convertire più adepti possibili negli stati del Massachusetts, Connecticut e New York, ma dovettero anche subire terribili atti di intolleranza, come episodi di fustigazioni e lapidazioni da parte di facinorosi, che non gradivano il loro stile di vita basato sul celibato assoluto e su caotiche e rumorosissime riunioni religiose.
Alla fine del loro giro, nel settembre 1783, il numero degli adepti aveva raggiunto le 1.000 unità, ma solo un anno dopo, debilitata da una vita di sacrifici e maltrattamenti e provata per la morte dell'adorato fratello William nel luglio 1784, L. morì a Niskeyuna, l'otto settembre 1784, a soli 48 anni.