Teodoro, vescovo di Mopsuestia, nacque ad Antiochia nel 350 ca. da famiglia benestante. Egli studiò filosofia e retorica alla scuola locale del retore pagano Libanio, dove fu compagno di studi di San Giovanni Crisostomo. All'età di 18 anni, T. entrò alla scuola di Diodoro di Tarso, in un monastero vicino ad Antiochia, la stessa scuola da cui uscì anche Nestorio, di cui T. fu molto probabilmente maestro.
Nel 383 (o 386) T. fu ordinato sacerdote, assieme a Crisostomo, dal vescovo Flaviano e nel 392 si unì al suo vecchio maestro Diodoro, il quale era diventato, nel frattempo, vescovo di Tarso, riuscendo a far nominare il suo allievo vescovo di Mopsuestia in Cilicia (parte dell'attuale Turchia). Durante il periodo di persecuzione di Crisostomo da parte dell'imperatrice Eudossia e di Teofilo d'Alessandria, T. rimase sempre fedele al vecchio amico, difendendolo in più occasioni.
Nel 421, T. ospitò Giuliano di Eclano e altri pelagiani, che indubbiamente influenzarono la sua dottrina.
T. morì nel 428, lo stesso anno in cui Nestorio iniziò il suo scisma, e fu sempre considerato, in vita, rigorosamente ortodosso.
T. fu un prolifico autore, sia di esegesi sull'Antico e Nuovo Testamento, del quale egli contestò l'interpretazione allegorica degli origenisti, che di libri su argomenti dottrinali dei più disparati.
Il grande dilemma dei teologi del IV secolo fu la doppia natura di Cristo, che doveva essere umana, perché la Sua morte sulla croce fosse in remissione dei peccati, e divina, perché avesse il potere di salvare i peccatori. Alcuni ariani spiegavano che, nell'incarnazione, Cristo aveva assunto un corpo umano, nel quale la Sua natura divina aveva preso il posto dell'anima (psyche), mentre per gli apollinaristi, la natura divina aveva preso il posto dell'intelletto razionale (nôus). T. e la scuola antiochena (Diodoro e Nestorio) posero sempre l'accento sulla distinzione delle due nature, umana e divina, di Cristo incarnato, ma T., come Diodoro, non riuscì a spiegare, in maniera soddisfacente, come potessero coesistere nella stessa persona.
Per quanto concerne la Vergine Maria, T. attaccò, come poi anche Nestorio, il termine di Theotokos, vale a dire Madre (o portatrice) di Dio, perché Ella era direttamente Anthropotokos, Madre dell'Uomo, e solo indirettamente Theotokos.
Come detto, T. fu considerato, in vita, un difensore dell'ortodossia, ma, dopo la sua morte, il suo nome fu associato con quello del suo allievo Nestorio e condannato postumo, nel 544, dall'editto dell'imperatore Giustiniano (527-565) contro i Tre Capitoli, gli scritti, cioè di T. stesso, Teodoreto di Ciro e Ibas di Edessa.
T. fu dichiarato eretico dal II Concilio di Costantinopoli del 553, 125 anni dopo la sua morte, sebbene questa condanna fu il risultato di una fortissima pressione esercitata da Giustiniano sul Papa Vigilio (537-555), letteralmente sequestrato affinché approvasse la scomunica decretata dal Concilio.