Heinrich Pfeiffer, nato a Mühlhausen (in Turingia), divenne monaco del chiostro cistercense di Reifenstein, nella regione dei monti Harz, nella Germania centrale. Nel 1521 egli abbandonò il convento per aderire alla Riforma luterana e diventando, nel Febbraio 1523, pastore della Chiesa di San Nicola nella sua città natale di Mühlhausen. Ben presto si distinse per le sue idee radicali, con cui infiammò la popolazione locale e cercò di fondare una Lega degli Eletti, una "comunità di santi", secondo uno schema ideato dal riformatore Thomas Müntzer. Per questo, P. fu espulso dalla città nell'Agosto 1523, ma nel Dicembre dello stesso anno fu invitato a tornare.
Il 10 Agosto 1524, egli fu raggiunto da Müntzer stesso, il quale, abbandonando moglie, figli e proprietà, aveva lasciato Alstedt, dove il consiglio cittadino stava comunque per decidere se espellerlo per le sue idee sovversive. Il 22-23 Settembre i due pubblicarono gli Undici Articoli di Mühlhausen, con l'obiettivo di unificare un partito di opposizione radicale, formato da contadini e artigiani, ma tanto fu lo scompiglio combinato in città, che Müntzer e P. furono cacciati, il 27 Settembre, da un esercito di mercenari, chiamati dai nobili locali.
Allora essi si recarono allora a Norimberga, dove Müntzer fece pubblicare da uno stampatore (probabilmente l'anabattista Hans Hut), uno dei suoi più violenti opuscoli contro Lutero (che chiamò Dottor bugiardo e il Drago), Apologia ben fondata e risposta alla carne senza spirito che vive mollemente in Wittenberg. La reazione delle autorità locali fu l'espulsione di Müntzer e P., l'arresto dello stampatore ed il rogo del libello. Mentre Müntzer viaggiò alla ricerca, vana, di nuovi alleati in Svizzera, incontrando il riformatore zwingliano Ecolampadio e l'anabattista pacifista Hübmaier, P. ritornò in Dicembre a Mühlhausen, e con il suo partito radicale, prese il controllo della città, attaccando e saccheggiando chiese e chiostri. Nel Febbraio 1525 ritornò Müntzer e in Marzo i due armarono i loro fedeli ed espulsero gli oppositori: il consiglio cittadino fu abbattuto e rimpiazzato da un "Consiglio Eterno".
L'episodio di Mühlhausen s'inserì nella più vasta Guerra (o Rivolta) dei Contadini del 1525: attratti dalle prediche millenaristiche ed apocalittiche di Müntzer, arrivarono, da tutta la Germania, derelitti, esaltati e disperati, ma anche piccoli eserciti organizzati, come quello del "Profeta di Zwickau" Nicholas Storch.
All'inizio di Maggio 1525 i rivoltosi, sotto la bandiera con la scritta Früheit (Libertà), arrivarono fino al numero di 10.000 persone e si accamparono intorno a Frankenhausen, una città conquistata dagli insorti di Mühlhausen, e si lasciarono andare a saccheggi e incendi, come quello del convento di Reifenstein, proprio quello dal quale P. era uscito, quattro anni prima. Tuttavia i principi e nobili locali, con in testa Giovanni di Sassonia, detto il Risoluto (1525-1532), succeduto nel frattempo al fratello Federico, conferirono l'incarico a Filippo, langravio di Hesse, di marciare con il suo esercito di 5.000 soldati, rinforzati da 2.000 cavalieri e pezzi d'artiglieria e di reprimere la rivolta.
All'onor del vero, Filippo cercò di convincere i contadini ad arrendersi dietro consegna di Müntzer, ma quest'ultimo fece un'epica arringa, promettendo di catturare le palle di cannoni con il proprio mantello (sic!) e garantendo l'incolumità dalle pallottole per i propri seguaci: il resto lo fece un arcobaleno, simbolo dei rivoltosi, che apparve in cielo, proprio in quel momento. I contadini respinsero le condizioni di Filippo, il quale attaccò il 15 Maggio 1525. Fu una carneficina: 5.000 rivoltosi furono immediatamente fatti a pezzi dai soldati meglio addestrati e successivamente altri 20.000, in tutta la Germania, furono sgozzati.
P. rimase a difesa della città di Mühlhausen, che però si arrese all'assedio delle truppe di Filippo il 24 Maggio, mentre Müntzer cercò di nascondersi in una soffitta in Frankenhausen, ma fu catturato dai soldati. Il suo debole tentativo di dichiararsi estraneo alla vicenda fallì miseramente a causa dei suoi appunti trovati nella stanza.
Il 26 Maggio 1525 Müntzer, P. ed altri furono decapitati in piazza a Mühlhausen. Mentre Müntzer, prima della sua morte, ritrattò le sue convinzioni e fece la comunione, P. morì, rifiutandosi di abiurare come atto di suprema sfida.