Johann Salomo (o Salomon) Semler nacque il 18 dicembre 1725 a Saalfeld (vicino a Lipsia, in Germania) da un arcidiacono luterano pietista di modesti mezzi economici. All'età di 17 anni, S. fu ammesso all'università di Halle, dove divenne allievo del professor Siegmund Jakob Baumgartner (1706-1757), un filosofo razionalista che lo influenzò e di cui S. fu nominato assistente. Si laureò nel 1750 e nello stesso anno accettò la posizione di docente non retribuito al ginnasio di Coburg e di editore nella Gazzetta della stessa città, tuttavia, già l'anno successivo, fu chiamato come professore di storia e filologia ad Altdorf, posto che ricoprì per un solo anno, poiché, nel 1752, su sollecitazione di Baumgartner, a S. fu offerto il ruolo di professore di teologia all'università di Halle. Alla morte del suo mentore nel 1757, S. divenne preside della facoltà di teologia e il tono polemico dei suoi scritti lo fece diventare uno dei più acclamati teologi tedeschi dell'epoca.
Nel 1779, egli entrò nella polemica suscitata dalla pubblicazione, da parte del famoso filosofo Gotthold Ephraim Lessing (1729-1781), di un presunto manoscritto anonimo trovato nella biblioteca di Wolfenbüttel (e per questo chiamato Frammenti di un anonimo, o di Wolfenbüttel): in realtà il testo era una parte della rivoluzionaria opera del filosofo naturalista tedesco, Hermann Samuel Reimarus, Apologie für die vernünftigen Verehrer Gottes (Apologia di coloro che adorano Dio secondo ragione), uno scritto violento e radicalmente deista, che si scagliava contro ogni religione rivelata. S. contestò i contenuti dell'opera, ma la presa di posizione fece notevolmente diminuire negli anni successivi la sua popolarità presso gli ambienti razionalistici, e a questo concorse una sua inopportuna solidarietà nei confronti dell'editto del 1788, emesso dal ministro prussiano per gli affari ecclesiastici, Johann Christoph von Wollner (1732-1800), a favore di una rigorosa ortodossia luterana.
S. morì il 14 marzo 1791 a Halle e negli ultimi anni della sua vita, deluso per i risultati del proprio lavoro, agli studi di teologia aveva preferito quelli di scienze naturali, alchimia, teosofia mistica e massoneria.
S., chiamato il padre del razionalismo tedesco, fu il più importante degli studiosi dell'ermeneutica intesa in senso moderno illuministico e non dogmatico. Fondatore della teologia storico-critica, egli fece della Bibbia l'oggetto di una ricerca scientifica per capirla in maniera, per l'appunto, non dogmatica: la vedeva come un libro fatto dagli uomini, un testo storico, che si era evoluto man mano, adattandosi anche ai pregiudizi e alle superstizioni dell'epoca (tutti elementi locali e temporanei, da distinguere da quelli permanenti della religione), e che quindi non aveva l'autorità dell'ispirazione divina.
Egli formulò una serie di distinzioni tra religione naturale (o razionale) e religione positiva (o soprannaturale), tra la religione (nel senso dell'etica) e la teologia, e tra religione privata (le convinzioni religiose di ciascuno) e religione pubblica (le regole cristiane sotto forma di precetti). Tutti gli schemi dottrinali, elaborati dalle varie chiese, erano semplici tentativi di capire la verità, quindi la pratica di lodare il dogma della propria chiesa in contrapposizione a quello d'altre confessioni non aveva ragione di esistere.
Il suo pensiero influenzò il grande filosofo Immanuel Kant (1724-1804), i cui scritti La religione entro i limiti della sola ragione (1793) e La fine di tutte le cose (1794) ricevettero una diffida come denigratorie del Cristianesimo.