Umberto Fracassini nacque nel 1862 a Perugia e dopo un periodo di studio al seminario della città umbra, fu mandato al seminario Pio a Roma (poi denominato Pio Romano). Qui conobbe e fu vicino al gruppo degli studiosi, in seguito chiamati modernisti da Pio X (1903-1914), e collaborò (i suoi interventi furono apprezzati anche dal domenicano Marie-Joseph Lagrange) alla rivista “Studi religiosi. Rivista critica e storica promotrice della cultura religiosa in Italia”, fondata nel gennaio 1901 da Salvatore Minocchi, che annoverò altri nomi illustri del movimento modernista italiano, come Ernesto Buonaiuti, Giovanni Semeria e Giovanni Genocchi.
Dopo la morte di Papa Leone XIII (1878-1903), il gruppo si disperse e F. rientrò alla sua diocesi, dove fu nominato rettore e professore di Sacre Scritture al seminario di Perugia.
Alla fine dell’agosto del 1907, fu organizzato in tutta segretezza un convegno a Molveno (in provincia di Trento), dove s’incontrarono i maggiori rappresentanti del modernismo italiano: i religiosi, precedentemente citati, Buonaiuti, Fracassini e Semeria, oltre a Antonio Fogazzaro, Tommaso Gallarati Scotti (1878-1966), Romolo Murri e con l’intervento esterno di Friedrich von Hügel. Sul convegno, che doveva cercare di coordinare tutte le anime del movimento modernista, si abbatté poco dopo, il 16 settembre (la data ufficiale è l’8) del 1907, la pubblicazione dell’enciclica “Pascendi dominici gregis”, che condannava il modernismo: F. ne apprese la notizia, mentre era a Parigi con l’amico, don Luigi Piastrelli (1883-1975), ma nonostante ciò egli collaborò ugualmente, con la redazione della parte dedicata ai problemi biblici, alla stesura del testo del Programma dei modernisti pubblicato nell’ottobre 1908.
L’enciclica di Pio X, il successivo clima di sospetto e la caccia alle streghe, che ne scaturirono, non tardarono ad avere un effetto anche sul professore perugino: fu, infatti, deposto dal ruolo di rettore del seminario e gli fu impedito l’insegnamento delle Sacre Scritture.
Egli rimase comunque sacerdote e si ritirò a vivere con un fratello prete a Prepo (una frazione di Perugia). Egli continuò nell’attività d’insegnamento all’università di Roma e Firenze e pubblicò diversi saggi, come Che cos’è la Bibbia (1909-1910), Impero e Cristianesimo da Nerone a Costantino (1913), Escatologia cristiana e le sue fonti (1914), e Misticismo greco e il cristianesimo (1922).
Morì nel 1950, all’età di 88 anni.