La setta dei giacobiti, da non confondere con la Chiesa dei Giacobiti fondata da Giacomo Baradeo nel VI secolo, e neanche con il movimento politico (1688-1760) che voleva riportare in Scozia i discendenti di Giacomo VII di Scozia e II d'Inghilterra (1686-1688), fu invece un movimento religioso protestante inglese del XVII secolo fondato da Henry Jacob nel 1605.
Nato nel 1563, Henry Jacob studiò ad Oxford, alla St. Mary's Hall, ottenendo il baccalaureato nel 1583 e la laurea nel 1586. Egli fu in seguito ordinato sacerdote anglicano e divenne maestro del coro al collegio Corpus Christi, a Cambridge.
Essendo caduto sotto l'influenza dei brownisti nel 1590, J. fu perseguitato per le sue idee ed esiliato in Olanda dal 1593 al 1597. In seguito egli s'impegnò per una riforma interna della Chiesa Anglicana, entrando in polemica con Francis Johnson (1562-1618) (un seguace del congregazionalista Henry Barrow), che J. visitò in prigione per cercare di convincerlo dell'errore nel separarsi dalla Chiesa Anglicana. Gli scritti di J., assieme a quelli del puritano Thomas Cartwright, furono la base delle richieste formulate dai puritani nella Millenary Petition (petizione millenaria) del 1603, inoltrata al nuovo re d'Inghilterra Giacomo I (già Giacomo VI di Scozia) (1603-1625), che indisse una conferenza a Hampton Court nel 1604.
Tuttavia ben poche concessioni furono fatte ai puritani poiché Giacomo I era profondamente convinto che la tesi essenziale della petizione puritana fosse di eliminare i vescovi con l'intento successivo di eliminare il re stesso, che, ovviamente, appoggiò apertamente la posizione dei vescovi anglicani con la famosa frase No bishop, no king [nessun vescovo (equivale a) nessun re]. L'unica concessione, degna di nota, fu l'autorizzazione alla pubblicazione di una versione della Bibbia, compilata da un panel di teologi e studiosi e denominata Authorised Version (versione autorizzata) o King James Bible (Bibbia di Re Giacomo).
J., intervenne nella riforma con il suo trattato Reasons taken out of Gods Word and the best humane Testimonies proving a necessitie of reforming our Church in England (Ragioni tratte dalla Parola di Dio e dalle migliori testimonianze umane per provare la necessità di riformare la nostra chiesa in Inghilterra), che gli costò otto mesi di carcere e il successivo esilio in Olanda nel 1605. Qui egli fondò una sua congregazione, di ispirazione calvinista, a Middleburg, nella regione dello Zeeland e fino al 1616 aiutò diverse altre congregazioni ad avviarsi ed ebbe contatti con il separatista John Robinson, il futuro capo del viaggio dei Padri Pellegrini, che aveva fondato una sua chiesa a Leida. J. convinse in seguito Robinson a modificare le sue idee separatiste.
Nel 1616 J. ritornò in Inghilterra, dove fondò una congregazione separatista a Southwark (un sobborgo di Londra), ma non troppo scissa dalla Chiesa d'Inghilterra: J. infatti non rifiutò l'autorità ecclesiastica, ma obiettò che potevano coesistere altre chiese all'infuori del controllo della Chiesa Anglicana. La congregazione di J. fu quindi denominata semi-separatista e poté godere di una notevole popolarità a causa della tolleranza e apertura praticata dal suo pastore verso teologi della Chiesa Anglicana, liberi pensatori, dissidenti vari e per questo egli fu quasi bollato come traditore dalle altre congregazioni separatiste, che nulla volevano avere a che fare con la corrotta Chiesa ufficiale.
Nel 1622 J. decise di lasciare la sua congregazione per emigrare nelle colonie americane, dove ne fondò una nuova a Jacobopolis, in Virginia. Rientrato in Inghilterra nel 1624, J. vi morì nello stesso anno.
Poiché la regola della congregazione di Jacob era che essa fosse gestita da un sacerdote ordinato, e non da predicatori laici come le altre comunità separatiste, la chiesa di Southwark rimase, dal 1622 al 1624, senza guida fino all'insediamento di John Lathrop (o Lothropp).
Questi era un prete, nato ad Etton, nella contea del Humberside, e laureato a Cambridge, trasferitosi nel 1624 a Londra, dopo aver abbandonato la sua parrocchia di Egerton, nel Kent. A Londra L. divenne pastore della congregazione di Southwark fino al 1632, anno in cui le spie del vescovo di Londra Wlliam Laud (1573-1645) scoprirono la chiesa di L. ed arrestarono i suoi membri: L. stesso passò due anni in carcere e fu multato. Al suo rilascio nel 1634, L. seguì l'esempio di Jacob e si trasferì nelle colonie americane, fondando una chiesa puritana a Scituate, nella colonia di Plymouth nel 1635. In seguito egli fu anche ministro del culto a Barnstable, nel Massachusetts, dove morì nel 1653.
Nuovamente, dal 1634, la congregazione di Jacob-Lathrop era senza guida e in tale stato rimase fino al 1637, anno in cui s'insediò Henry Jessey. Quest'ultimo, nato nello Yorkshire nel 1603 (secondo altri fonti nel 1601), aveva studiato a Cambridge, al St. John's College, ottenendo il baccalaureato nel 1623 e diventando sacerdote nel 1624. Fu dapprima un valente studioso di ebraico e tesi rabbinici, poi vicario a Aughton, nella Yorkshire fino al 1634, quando il vicariato gli fu tolto.
J. si trasferì allora a Londra nel 1635 e, come detto, nel 1637 divenne pastore della congregazione di Southwark. La comunità s'ingrandì a tal punto, che nel 1640 con un mutuo accordo, si decise di dividerla in due: una parte rimase con J. e l'altra si trasferì in Fleet Street, a Londra, sotto la guida di Praise-God Barebone (ca. 1596-1680), diventato poi famoso come politico per aver guidato la brevissima parentesi del Parlamento Barebone, sciolto per ordine di Oliver Cromwell (1599-1658) nel dicembre 1653.
Nel frattempo, la congregazione rimasta con J. sviluppò una teologia più radicale con tendenze battiste (dal 1645 fu regolarmente praticato il battesimo degli adulti) rispetto a quella dei suoi predecessori e lo stesso J. si accostò alle idee sabbatariane, e frequentò ambienti vicini ai battisti e ai quinto-monarchisti. Nel 1641 J. fu arrestato su mandato del sindaco di Londra, ma successivamente liberato per ordine del parlamento. Poco dopo egli entrò in polemica con un membro della comunità, di nome William Kiffin (1616-1701), il quale si separò creando una congregazione anch'essa con orientamenti battisti: fu la prima delle comunità firmatarie della Prima Confessione di Fede del 1643, il documento originario dei battisti particolari, dai quali discendono le chiese battiste attualmente esistenti, molto diffuse soprattutto in Stati Uniti.
Nel 1652 egli fu scelto come uno dei nove esperti, che dovevano lavorare su una nuova traduzione della Bibbia e impiegò i proventi ottenuti da questo lavoro per aiutare le famiglie ebree povere di Londra, confidando di poterle in seguito convertire al Cristianesimo. Ma, dal 1653 J. fu identificato con il crescente movimento dei quinto-monarchisti, soprattutto grazie all'amicizia con il loro capo, il commerciante in botti, Thomas Venner (m. 1661). Questi, alla morte del fondatore Thomas Harrison (1610-1660), divenne il capo supremo del movimento e organizzò una disperata insurrezione nel gennaio 1661 contro il re Carlo II (1649-1685). Com'era prevedibile, il colpo fallì e Venner e gli altri capi della rivolta furono decapitati.
Le successive repressioni stroncarono definitivamente il movimento quinto-monarchista, oltre a perseguitare anche altre sette, a causa delle loro dottrine simili, come i quaccheri, i sabbatariani e i giacobiti stessi. J. fu, infatti, imprigionato in questo periodo, fino alla sua liberazione nel 1663. In seguito egli si recò in Olanda per fare nuovamente ritorno in Inghilterra nell'agosto 1664.
Qui si ammalò e morì il 4 settembre 1664: un indice della sua notevole popolarità fu la partecipazione ai suoi funerali di ben 4/5.000 persone.