John Hooper nacque nella contea inglese del Somerset nel 1498 e studiò, dal 1514, al Merton College di Oxford, ottenendo un baccalaureato in arti liberali. In seguito, ma non ci sono prove certe, egli entrò nell'ordine cistercense a Gloucester, ma dopo poco ritornò all'università di Oxford, che abbandonò definitivamente nel 1539, quando il parlamento inglese approvò i Sei Articoli (The Six Articles), di forte stampo cattolico e voluti dal re Enrico VIII. Essi confermavano, tra l'altro, la validità del dogma della transustanziazione, l'Eucaristia sotto una sola specie, il celibato per i prelati, le Messe private e la confessione.
H., di convinzioni riformiste, dovette rifugiarsi all'estero come, similmente, l'ex frate agostiniano Miles Coverdale, traduttore della prima Bibbia completa in inglese. Altri protestanti pagarono con la vita le loro convinzioni, come il luterano Robert Barnes, bruciato sul rogo nel 1540; lo stampatore William Tyndale, bruciato a Bruxelles nel 1536; la protestante Anne Askew bruciata nel 1546.
H. si salvò quindi recandosi a vivere a Zurigo, gentilmente accolto da Heinrich Bullinger, genero di Ulrich Zwingli e nuovo leader della chiesa riformata zurighese. Il suo viaggio fu quanto mai avventuroso: fu arrestato due volte e giunse a Strasburgo in piena Guerra Smacaldica. Ciononostante trovò anche il tempo di sposarsi nella città alsaziana con Anna de Tserclaes ed infine, passando attraverso Basilea, arrivò a Zurigo. Qui H. rimase fino al maggio 1549, rientrando quindi in Inghilterra dove regnava oramai da due anni il giovane Edoardo VI, salito al trono a solo nove anni, e dove il potere effettivo era concentrato nelle mani del reggente e Lord Protettore, suo zio Edward Seymour, duca di Somerset (1506-1552), un convinto assertore della Riforma.
Nonostante il cambio al vertice dei Lord Protettori [Somerset caduto in disgrazia, fu sostituito dal Conte di Warwick, poi Duca di Northumberland, (1502-1553)], H. fece rapidamente carriera diventando cappellano di Warwick e nel 1550 vescovo di Gloucester. Quest'investitura creò non pochi problemi per il rifiuto di H. di essere consacrato secondo il rito, ancora di forte influenza cattolica: addirittura egli si "ammorbidì" solo dopo alcune settimane di prigione, accettando poi l'incarico.
H. rappresentò sempre l'ala più riformatrice oltranzista della Chiesa inglese e fu uno dei principali artefici della diffusione della Riforma svizzera zwingliano-calvinista. Ma nel luglio 1553, alla morte di Edoardo VI, salì al trono la sorellastra cattolica Maria Tudor, figlia di quella Caterina d'Aragona, il cui ripudio aveva innestato lo scisma della Chiesa d'Inghilterra. H., per sue ben note idee religiose, fu arrestato nel settembre dello stesso anno e nel marzo 1554 gli fu tolto il titolo di vescovo, perché sposato. Nel dicembre 1554 furono approvate nuove leggi e pene contro i riformatori. Conseguentemente H. fu condannato il 2 gennaio 1555 al rogo per aver:
Sostenuto la legalità del matrimonio del clero
Difeso la dottrina del divorzio
Negato la presenza carnale di Cristo nell'Eucaristia
La sentenza fu eseguita il 9 febbraio 1555 sulla piazza antistante la cattedrale di Gloucester dove egli aveva svolto il suo ufficio come vescovo. H. si comportò in una maniera veramente coraggiosa, rifiutando perfino di essere legato al palo del rogo.