Giovanni Bernardino Bonifacio, ultimo marchese d'Oria (vicino ad Otranto, in Puglia), era nato nel 1517 e nel 1536 era diventato erede del titolo e dei feudi della famiglia, una delle dinastie più in vista del regno di Napoli. Il B. aveva ricevuto una solida educazione umanistica, sviluppata in diversi anni di studio e nella frequentazione di ambienti culturali napoletani. Qui egli si distinse come assiduo habitué dei circoli ispirati a Juan de Valdès, dove, probabilmente, conobbe i personaggi più noti dei club valdesiani, come Bernardino Ochino, Pier Martire Vermigli, Pietro Carnesecchi e Marcantonio Flaminio.
Pur mantenendosi al sicuro mediante un assiduo atteggiamento nicodemitico, B. sponsorizzò a distanza nel 1553 la pubblicazione a Basilea del De haereticis an sint persequendi del riformatore Sebastian Castellion (Castellione).
Solo nel 1557, dopo la morte della moglie, il B. si trasferì volontariamente a Basilea. Fu appena in tempo: infatti nell'ottobre dello stesso anno, egli fu citato a comparire davanti al tribunale dell'inquisizione a Napoli. A Basilea B. fondò un circolo luterano e conobbe Celio Secondo Curione, con il quale entrò in polemica.
Nello stesso 1557, egli fece la conoscenza e divenne amico di Melantone, in occasione di un viaggio a Worms. Rimase sempre un animo inquieto e questo spirito lo portò a vagare da una parte all'altra dell'Europa, sempre alla ricerca della città ideale, che aveva denominato "Eutopia".
Dopo il soggiorno svizzero, si recò a Venezia, dove, nuovamente, riuscì a scampare (fuggendo a Trieste) ad un ordine di cattura da parte dell'inquisizione. Nel 1561 si recò in Polonia a Kasimirierz, presso Cracovia, dove diventò amico di Giorgio Biandrata e di Prospero Provana. B. si recò spesso anche in Moravia e accumulò negli anni successivi un'impressionante serie di tappe in giro per l'Europa, come già detto: Lione, Parigi, Londra, dal 1565 al 1575 a Lörrach (Basilea), dove divenne amico e sponsor del riformatore senese Mino Celsi (1514-ca.1575), Norimberga, Vienna, Danimarca, Svezia, Inghilterra, Costantinopoli, e infine nuovamente (dal 1584) in Polonia, a Vilna, ospite di Niccolò Buccella.
Poco dopo fece un tragico viaggio in Inghilterra, dove perse la vista, e al ritorno dalla quale, fece naufragio, salvandosi a stento, sulle coste polacche. Si stabilì a Danzica, al cui Senato B. donò nel 1591 la sua preziosa collezione di ben 1.043 libri, con l'intento di non farli cadere in mano ai gesuiti e permettendo la fondazione della Biblioteca cittadina.
Morì a Danzica stessa nel 1597.
Dal punto di vista dottrinale, B. si allineò sulle posizioni umaniste luterane di Melantone. Come i riformatori, B. era pessimista sulla decadenza dell'uomo a causa del peccato e pensava che solo la Grazia, e non certo le opere buone, poteva riportare l'uomo a Dio.