Si può collocare tra il I ed il IV secolo d.c., il periodo d'oro dello gnosticismo classico, il movimento sincretico, teso a fondere, in vari momenti storici, religioni misteriche, astrologia magica persiana, zoroastrismo, ermetismo, kabbalah, filosofie ellenistiche, giudaismo alessandrino fino a giungere ad un sincretismo con il Cristianesimo dei primi secoli. Si rimanda al capitolo sullo gnosticismo per una trattazione approfondita sulle varie scuole di pensiero.
I concetti gnostici, in seguito, furono la base dottrinale di una serie d'importanti movimenti dualistici medioevali, come il manicheismo, il paulicianesimo, il bogomilismo e il catarismo. Proprio quest'ultimo movimento scatenò una violentissima reazione della Chiesa cattolica ufficiale, con la creazione di un potentissimo mezzo di repressione, come l'Inquisizione, la fondazione di un ordine religioso, i domenicani, preposti a confutare le dottrine catare, e l'organizzazione di una crociata (tra il 1208 ed il 1244, sebbene non in maniera continuata), con relativa licenza di massacro di cristiani da parte di altri cristiani. La data del 1321, quando venne bruciato sul rogo l'ultimo dei catari, Guglielmo Belibasta, è il simbolo della fine del catarismo e quindi dello gnosticismo medioevale. Dopo quella data, lo gnosticismo apparentemente scomparve (del resto, non era molto igienico professarlo apertamente!) dal mondo cristiano, se si eccettua la setta, peraltro molto isolata, dei mandei in Mesopotamia.
Nel periodo della Riforma e Controriforma (XVI e XVII secolo), solo pochi, tra cui Jacob Boehme (peraltro vissuto in una zona di religione luterana, come la Slesia) e la sua scuola, tennero alta la bandiera del pensiero dualista e gnostico.
Arriviamo allora al XIX secolo, quando una serie di movimenti (o chiese) gnostici, o meglio neo-gnostici, sorsero soprattutto in Francia, spesso d'ispirazione martinista. Nel XX secolo altre chiese neo-gnostiche si svilupparono in Inghilterra, come derivazione della Chiesa Cattolica Liberale o in seguito all'influenza degli ambienti teosofici inglesi, oppure in Brasile, come conseguenza di una consacrazione scaturita dalla Chiesa Cattolica Apostolica Brasiliana, fondata da Carlos Duarte Costa (1888-1961).
Le chiese neo-gnostiche francesi sono:
Chiesa Gioannita dei Cristiani Primitivi: precursore delle chiese neo-gnostiche fu la Chiesa Gioannita, fondata nel 1828 dall'ex seminarista Bernard Raymond Fabré-Palaprat. Secondo un'ipotesi di quest'ultimo, utilizzando documenti di dubbia autenticità (come l'Evangelicon e il Levitikon, probabili falsi del `700, che rimaneggiavano il Vangelo di San Giovanni, eliminando i miracoli e la resurrezione per supportare l'idea di un Gesù Cristo grande profeta ed iniziato ai misteri in Egitto), la Chiesa discendeva direttamente da Gesù Cristo, attraverso l'apostolo San Giovanni, il cui "Ordine d'oriente" sarebbe stato l'antenato dell'Ordine Templare, rifondato dall'instancabile Fabré-Palaprat nel 1804, assieme ad altri membri di una loggia massonica di Parigi. La Chiesa, nonostante l'adesione del noto sacerdote cattolico (sospeso a divinis) Ferdinand-Franòois Châtel, fondatore della Chiesa Cattolica Francese e consacrato vescovo da monsignor Machault nel 1831, non sopravvisse alla morte del proprio fondatore nel 1838, anche se ex membri del clero gioannita emigrarono in altre formazioni religiose eterodosse dell'epoca.
Chiesa del Carmelo: nel 1839 Eugene Vintras fondò l'Opera di Misericordia per annunciare le sue visioni con l'Arcangelo Michele, lo Spirito Santo, San Giuseppe e Maria Vergine, nelle quali gli era stato comunicato di essere la reincarnazione del profeta Elia e che avrebbe dovuto preparare il mondo per la terza era (un concetto gioachimita abbastanza comune nella storia del Cristianesimo). Sospettato (probabilmente in maniera ingiusta) di essere un satanista e avendo profetizzato la distruzione, in seguito ad una catastrofe, di Londra e Parigi, egli fu imprigionato per un breve periodo. In seguito, egli fondò la Chiesa del Carmelo (o Santuario interiore del Carmelo di Elia), dove veniva celebrata una messa, chiamata Sacrificio provittimale di Maria, di sua invenzione e di dubbia origine cattolica. Alla sua morte nel 1875, la Chiesa finì sotto il controllo dell'ex sacerdote cattolico Joseph-Antoine Boullan (1824-1893), un famigerato satanista, praticante di messe nere e accusato addirittura di aver sacrificato uno dei suoi figli in una cerimonia satanista. Solo pochi seguaci di Vintras seguirono Boullan, che introdusse anche pratiche sessuali magiche, finché fu smascherato e denunciato, per aver divulgato segreti cabalistici, ad un tribunale rosacrociano da occultisti, come Stanislas de Guaita (1861-1897) e Oswald Wirth (1860-1943). Secondo alcuni autori, Boullan, che morì nel 1893, ispirò il personaggio del Dottor Johannes del romanzo di Joris-Karl Huysmans (1848-1907) Là-bas (Nell'abisso), il primo romanzo che descrisse particolareggiatamente una messa nera.
Chiesa Gnostica (di Francia): ad iniziare dal 1888, l'archivista Jules-Benoît Stanislaus Doinel de Val-Michel iniziò ad interessarsi alle dottrine gnostiche catare e pre-catare, in seguito al ritrovamento di un manoscritto medioevale redatto da Stefano, un canonico della Chiesa di Santa Croce ad Orléans, bruciato sul rogo nel 1022. Nello stesso periodo, egli ebbe una visione mistica, nella quale l'Eone Gesù Cristo lo consacrò spiritualmente Vescovo di Montségur e Primate degli Albigesi, ordinandogli di fondare una nuova chiesa, per l'appunto la Chiesa Gnostica. Doinel, che assunse il titolo mistico di Tau Valentino II, arruolò il clero della propria Chiesa nei circoli esoterici, teosofici e spiritisti di Parigi. Nel 1895 egli si convertì al cattolicesimo e, sotto l'influenza del famigerato Léo Taxil (1854-1907), attaccò violentemente tutte le sue precedenti convinzioni (Chiesa Gnostica, massoneria, martinismo, teosofia e spiritismo), ma nel 1900 Doinel rientrò nella Chiesa Gnostica e fu riconsacrato dal suo successore Fabre des Essarts. Dopo la sua morte nel 1902, la Chiesa gnostica andò incontrò a scissioni interne, la più importante dei quali fu quella organizzata nel 1907 da Jean Bricaud, che fondò la Chiesa Gnostica Universale. La Chiesa gnostica di Francia entrò in una lenta agonia e nel 1926 l'ultimo patriarca, Patrice Genty (1883-1964), decise di mettere in sonno (per usare un termine massonico) la Chiesa, consigliando agli adepti di confluire nella formazione di Bricaud.
Chiesa Gnostica Universale: fondata (la denominazione originaria era Chiesa Cattolica Gnostica) nel 1907 da Gerard Encausse (Papus), Louis-Sophrone Fugairon (1846-?) e, come si è detto, Jean Bricaud (che, nel 1908, ne divenne il capo), la Chiesa si differenziò dalla precedente per essere più vicina alle posizioni cattoliche e a quelle del martinismo, in particolare dell'Ordine Martinista-Martinezista di Lione, di cui la Chiesa Gnostica Universale fu dichiarata, nel 1911, confessione religiosa ufficiale. Nel 1913, Bricaud fu consacrato dal vescovo della Chiesa Gallicana, Louis-Marie Franòois Giraud (1876-1950), un ex trappista, proveniente dalla linea di successione apostolica scaturita dal vescovo vagante Joseph-René Vilatte. Infine, nel 1960, il quarto patriarca Charles-Henri Dupont (1877-1960) abdicò a favore di Robert Ambelain (1907-1997), che ha inglobato la Chiesa Gnostica Universale nella sua Chiesa Gnostica Apostolica.
Ecclesia Gnostica Cattolica (Gnostic Catholic Church): un caso abbastanza atipico di chiesa gnostica. Pur ispirandosi alla scuola francese, essa è il braccio ecclesiastico dell'OTO (Ordo Templi Orientis), il movimento fondato in Germania nel 1905 da Theodor Reuss (1855-1923) e dall'industriale Carl Kellner (1851-1905), che mischia elementi di magia cerimoniale, tantrismo, occultismo, rosacrocianesimo, massoneria e teosofia. Reuss, che aveva un rapporto di collaborazione con Gerard Encausse (Papus), fu consacrato sub conditione da Jean Bricaud nel 1919. L'Ecclesia ha conosciuto una drastica evoluzione dopo l'entrata nel 1909 (o 1911) del più famoso (o famigerato) mago dei tempi moderni, l'inglese Aleister Crowley (1875-1947), il quale, diventato nel 1922 il secondo patriarca della Chiesa, promulgò la filosofia di Thelema (parola greca per "volontà"), basata sul principio "Sapere e fare la Vera Volontà (il percorso di una singola azione che non incontra alcuna resistenza giacché è supportato dall'inerzia di tutto l'Universo) di ciascuno è lo scopo finale ed il destino ultimo d'ogni essere". La data della nascita ufficiale della Chiesa Gnostica Cattolica avvenne due anni prima, nel 1920, in coincidenza con la pubblicazione della Messa Thelemica Gnostica. Nel 1979, il patriarca Grady Louis McMurtry (Hymenaeus Alpha) (1918-1985) separò l'Ecclesia dall'OTO, ma nel 1987 il successivo patriarca William Breeze (Hymenaeus Beta) (n. 1955) riunì i fedeli in un'unica entità, poiché l'Ecclesia era stata sciolta nel 1985. Il sito ufficiale in Inghilterra è http://www.egc.org.uk/egc/egc.shtml
Chiesa Gnostica Apostolica: fondata nel 1953 da Robert Ambelain (Tau Robert, poi Tau Jean III), consacrato nel 1946 da Roger Ménard (Tau Eon II), a sua volta consacrato da Victor Blanchard (Tau Targelius), un vescovo scismatico della Chiesa Gnostica Universale (vedi sopra). Nel 1978, il quarto patriarca, Edmond Fieschi (Tau Sialul I) abdicò a favore di Fermin Vale-Amesti (Tau Valentinius III), che rifiutò, lasciando quindi la chiesa senza patriarca.
Nel mondo anglosassone, si svilupparono altre due chiese gnostiche:
Chiesa gnostica cattolica pre-Nicena (o Ecclesia Gnostica): fondata dall'australiano Ronald Powell, alias Richard Jean Chretien Duc de Palatine, vescovo della Chiesa Cattolica Liberale [ma consacrato anche dal vescovo vagante indipendente cattolico Hugh George de Wilmott Newman, Mar Georgius I (1905-1979)], che fondò anche l'Ordine del Pleroma. Dopo la morte di Powell, il nuovo patriarca Stephan A. Hoeller (n. 1931), cambiò il nome in Ecclesia Gnostica (sito ufficiale: http://www.gnosis.org/eghome.htm), che, insieme alla consociata Società Gnostica (Gnostic Society, sito ufficiale: http://gnosis.org/gnostsoc/gnostsoc.htm), è stata la più popolare organizzazione gnostica nel mondo anglosassone della fine del XX secolo.
Ecclesia gnostica mysteriorum (Chiesa gnostica dei misteri) (sito ufficiale: http://www.gnosticsanctuary.org/): fondata da Rosamonde Miller, quando era ancora sacerdotessa della precedente Ecclesia Gnostica. Nel 1981 la Miller fu consacrata vescovo da Stephan A. Hoeller, ma lei affermò di essere stata regolarmente ordinata e consacrata a Parigi dal Sacro Ordine di Maria Maddalena (Holy Order of Mary Magdalene), e quindi, attraverso una supposta successione ininterrotta di consacrazioni, di essere la diretta discendente (spirituale) di Maria Maddalena.
Infine si segnala una chiesa gnostica, derivata dall'ambiente brasiliano legato alla Chiesa Cattolica Apostolica Brasiliana, vale a dire l'Ecclesia Gnostica Catholica Apostolica Latina (Chiesa Gnostica Cattolica Apostolica Latina), che è stata fondata da Pedro Freire (Tau Pierre) (m. 1977), ex primate per il Sud America della Chiesa Gnostica Apostolica di Ambelain, e riconsacrato nel 1970 come Mar Petrus Johannes XIII, patriarca della Chiesa Gnostica Cattolica Apostolica, da parte di Dom Antidio Vargas della Chiesa Cattolica Apostolica Brasiliana.
Poiché Freire divenne in seguito patriarca della Chiesa Gnostica Apostolica, alla sua morte, il successore, il già menzionato Edmond Fieschi (Tau Sialul I) (patriarca di ambedue le chiese) abdicò a favore di Fermin Vale-Amesti (Tau Valentinius III). Dopo il rifiuto di quest'ultimo, i fedeli nord-americani si organizzarono nella Chiesa Gnostica Cattolica Apostolica, sotto la direzione di Roger Saint-Victor Herard (Tau Charles), ma la sua morte nel 1989 ha lasciato anche questo gruppo senza un leader.